Tuoreessa kansainvälisessä yhteistyötutkimuksessa löydettiin uusi geneettinen markkeri, joka voi auttaa tunnistamaan C9orf72-toistojaksomonistumaa kantavat otsalohkodementia- ja ALS-potilaat laajoista väestöpohjaisista aineistoista.
Kyseessä on yleisin geneettinen syy näiden tautitilojen takana, ja suomalaisilla tämä kuuden emäksen toistojaksomonistuma C9orf72-geenissä on erityisen yleinen.
Uutta markkeria voisi jatkossa hyödyntää monistuman kantajien tunnistamisessa jo ennen kuin tauti alkaa oireilla, mikä auttaisi mahdollisten hoitojen suunnittelua tai sopivien potilaiden valitsemista kliinisiin lääkeainetestauksiin.
Uuden markkerin taustalla olevan monistuman toteaminen vaatii kuitenkin erityisiä geneettisiä analyysejä, jotka ovat työläitä eivätkä sovellu sen kantajien tunnistamiseen laajoista väestöpohjaisista aineistoista.
Tutkimuksen tulokset julkaistiin elokuun puolivälissä Journal of Alzheimer’s Disease -lehdessä.
Tämä tutkimus voi olla alkusysäys FinnGen-aineiston tehokkaalle hyödyntämiselle laajemminkin.
Itä-Suomen yliopiston johtamassa kansainvälisessä tutkimuksessa hyödynnettiin laajaa eurooppalaista EADB-aineistoa (A European DNA bank for deciphering the missing heritability of Alzheimer’s disease) ja suomalaista FinnGen-aineistoa.
Tutkijat etsivät yhden nukleotidin muutoksia eli snippejä (SNP) tai niiden joukkoja, joiden avulla voitaisiin erottaa monistumaa kantavat potilaat niistä, joilla sitä ei ole.
Aiemmin on tunnistettu 20 SNP:n joukko, jolla on vahva yhteys C9orf72-monistumaan otsalohkodementiaa ja ALSia sairastavilla. Nyt kuitenkin löydettiin uusi, aiemmin tunnistamaton SNP, rs139185008, jonka perusteella voitiin vielä paremmin erottaa suomalaiset monistumaa kantavat potilaat.
Tutkimuksessa selvitettiin seuraavaksi, minkälaisiin tautidiagnooseihin nyt tunnistettu uusi SNP liittyy. Tässä käytettiin laajaa FinnGen-aineistoa, joka sisältää yli 300000 suomalaisen perimään ja terveyteen liittyviä tietoja.
Tutkimus paljasti, että kyseinen SNP löytyi pääasiassa potilailta, joilla on otsalohkodementian tai ALS-taudin diagnoosi. Lisätutkimukset osoittivat, että rs139185008-SNP oli voimakkaasti yhteydessä ALSiin myös brittiläisessä UK Biobank -aineistossa.
Tulosten perusteella rs139185008-SNP on lupaava uusi geneettinen markkeri, jonka avulla C9orf72¬-toistojaksomonistuman kantajia voidaan tunnistaa laajoista väestöpohjaisista geneettisistä aineistoista, joissa monistumaan liittyvää perimän dataa ei ole suoraan saatavilla.
FinnGen-aineisto ei suoraan tarjoa C9orf72-toistojaksomonistumaan liittyvää geneettistä tietoa.
”Aineistosta uuden SNP:n avulla tunnistetuilta henkilöiltä tulisikin jatkossa varmistaa monistuma erityisellä geneettisellä analyysillä. Näin voidaan vahvistaa, sopiiko uusi SNP markkeriksi C9orf72-toistojaksomonistuman kantajien tunnistamiseen muissakin väestöpohjaisissa geneettisissä aineistoissa”, toteaa tiedotteessa tutkimusjohtaja Annakaisa Haapasalo Itä-Suomen yliopiston A. I. Virtanen -instituutista.
"Tämä tutkimus voi olla alkusysäys FinnGen-aineiston tehokkaalle hyödyntämiselle laajemminkin hermostoa rappeuttavien sairauksien geneettisissä tutkimuksissa. Samanlainen SNP-pohjainen lähestymistapa voisi olla käytettävissä esimerkiksi muiden toistojaksomonistumista johtuvien aivosairauksien tutkimuksessa”, sanoo professori Mikko Hiltunen Itä-Suomen yliopiston biolääketieteen yksiköstä.
Henkilöiltä tulisikin jatkossa varmistaa monistuma erityisellä geneettisellä analyysillä.
Keskeisiä kumppaneita Hiltusen ja Haapasalon johtamassa tutkimuksessa olivat professori Ville Leinonen Itä-Suomen yliopistosta, professori Anne Remes Oulun yliopistosta, professori Pentti Tienari Helsingin yliopistosta, professori Per Kristian Eide Oslon yliopistosta ja professori Jean-Charles Lambert Lillen Pasteur-instituutista.
Päätutkijana toimi nuorempi tutkija Hannah Rostalski, joka valmistelee väitöskirjaa Itä-Suomen yliopiston GenomMed-tohtoriohjelmassa. Tutkimuspäällikkö Teemu Kuulasmaa yliopiston Bioinformatiikkakeskuksesta vastasi tutkimuksen
