Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiiri selvittää nyt kaikista PCR-positiivisista koronanäytteistä , onko kyseessä varianttivirus.
Käytössä olevat korona-PCR-menetelmät tunnistavat uudet koronaviruksen variantit, mutta ne eivät pysty erottamaan virusvariantteja alkuperäisestä villityypin viruksesta. Villityypin virukset ja variantit siis kaikki näyttäytyvät PCR-menetelmällä tutkittaessa positiivisena näytevastauksena.
Varianttien seulomiseksi tarvitaan lisätutkimuksia. Virusvarianttien tunnistaminen on tärkeää, koska ne voivat tarttua ja levitä aiempaa nopeammin. Huslabissa on käytössä kaksi menettelytapaa virusvarianttien tunnistamiseksi.
Britannian, Etelä-Afrikan, Brasilian virusvarianteille on yhteistä mutaatio N501Y-viruksen piikkiproteiinia (S-proteiinia) koodaavassa geenissä.
Husissa on jo vuoden alusta lähtien suuresta osasta korona-PCR-positiivisista näytteistä tarkasteltu, onko kolmesta tutkitusta kohdegeenistä S-geeni jäänyt negatiiviseksi. Löydös vastataan tuloksella ”SGTF” (S gene target failure)”, ja löydös voi viitata kliinisesti merkityksellisen virusvariantin mahdollisuuteen. Suurimmassa osassa SGTF-näytteitä on toistaiseksi todettu N501Y-mutaatio eli STGF-löydös viittaa vahvasti siihen, että tartunnan aiheuttaneessa viruksessa on variantti.
4.2.2021 alkaen virusvarianttien tutkiminen laajeni Huslabissa kaikkiin positiiviseksi todettuihin näytteisiin.
Suurimmasta osasta (75 %) positiivista näytteistä tarkastellaan edelleen SGTF, ja tulos ilmoitetaan noin vuorokauden kuluessa PCR-testivastauksen saamisesta. SGTF-näytteet ohjataan sekvensointiin. Sekvensointitulos valmistuu noin 2–3 viikon kuluessa eli tällöin saadaan lopullinen varmistus variantista.
Loput (25 %) PCR-positiivisista näytteistä ohjataan mutaatioseulonta-PCR-tutkimukseen. Tässä tutkimuksessa näytteestä määritetään, onko viruskannalla mutaatio N501Y. Tulos saadaan noin kahden vuorokauden kuluessa positiivisen testivastauksen saamisesta.
– Tässä vaiheessa siis tiedetään, että näytteessä on kyseinen mutaatio, mutta ei vielä sitä, mistä virusvariantista on kyse. Kaikki näytteet, joissa todetaan N501Y-mutaatio, ohjataan vielä sekvensointiin virusvariantin selvittämiseksi, sanoo ylilääkäri Maija Lappalainen Hus Diagnostiikkakeskuksesta tiedotteessa.
Virusvarianttien aiheuttaman tartunnan saaneiden tunnistus ja tartuntaketjujen nopea katkaisu on erittäin tärkeää.
– Näillä menettelytavoilla saadaan tieto mutaatioepäilystä parin päivän sisällä positiivisesta testivastauksesta, ja tutkimalla kaikki positiiviset näytteet saamme kattavasti tietoa variantin esiintymisestä Hus-alueella. Tällä on vaikutusta tartunnanjäljittäjien työhön sekä eristys- ja karanteenikäytäntöihin, sanoo diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtonen Husin tiedotteessa.
Lue lisää:
