INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2.2017 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

PÄÄTOIMITTAJALTA

Psykiatrien äärimmäisen vaikea tehtävä

Kaikki lääkärit ovat vallankäyttäjiä suhteessa potilaisiin, kun he diagnosoivat sairauksia ja ohjaavat potilaita jatkohoitoon, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 16.2. 10:53

KOLUMNI

Tiimalasin sietämätön keveys

Millaista lääkärin työ olisi, jos se riisuttaisiin turhasta sälästä? Siirtyisikö aika potilaille, heidän kuuntelemiselleen, kysyy kolumnissaan endokrinologi Helena Miettinen.

  • 16.2. 10:52

TOIMITUKSELTA

Tekoäly, etsi paras lääke

Toivottavasti yritys ja erehdys pian vaihtuvat varmuudeksi tekoälyn, geenitestauksen ja tietoaltaiden avulla, kirjoittaa toimituspäällikkö Erpo Pakkala.

  • 16.2. 10:52

Uusin lehti

Tapahtumat

14.-25.2.2018 Mediuutisten #kiitäkollegaa -kampanja terveysalan työpaikoille. Onko kollegasi työyhteisösi helmi? Oletko saanut häneltä apua tai onko hän vaikuttanut positiivisella tavalla työyhteisöösi? Kiitä hyvää työkaveriasi ja Mediuutiset välittää kiitoksesi perille.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄTOIMITTAJALTA

Psykiatrien äärimmäisen vaikea tehtävä

Kaikki lääkärit ovat vallankäyttäjiä suhteessa potilaisiin, kun he diagnosoivat sairauksia ja ohjaavat potilaita jatkohoitoon, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 16.2. 10:53

KOLUMNI

Tiimalasin sietämätön keveys

Millaista lääkärin työ olisi, jos se riisuttaisiin turhasta sälästä? Siirtyisikö aika potilaille, heidän kuuntelemiselleen, kysyy kolumnissaan endokrinologi Helena Miettinen.

  • 16.2. 10:52

TOIMITUKSELTA

Tekoäly, etsi paras lääke

Toivottavasti yritys ja erehdys pian vaihtuvat varmuudeksi tekoälyn, geenitestauksen ja tietoaltaiden avulla, kirjoittaa toimituspäällikkö Erpo Pakkala.

  • 16.2. 10:52

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Kenen vastuulla on ajoterveyden arvioiminen?

Kuljettajien terveys on asia, joka ei kosketa pelkästään ikääntyvää väestönosaa. Se koskettaa eri-ikäisiä kuljettajia, heidän lähiomaisiaan, poliiseja ja lääkäreitä. Kun rajapinta on niin laaja, kenellä on viimekädessä vastuu ihmisen ajoterveydestä ja sen arvioinnista? Miten ajoterveysasioiden käsittelyä voisi helpottaa? Liikenneturva kerää lääkäreiden kokemuksia ajoterveyden arvioinneista. Vastaa ja vaikuta.

  • 28.12.2017 08:00

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
TyöSyke Oy

Lääkäriä

TyöSyke Oy on kanta-hämäläisten kuntaorganisaatioiden omistama yhtiö, joka tuottaa työterveyshuollon palveluja pääosin omistaja-asiakkailleen. Toimimme neljässä toimipisteessä Kanta-Hämeen alueella. Palvelujemme piirissä on lähes 11 000 työntekijää.

Siun sote

TOIMIALUEJOHTAJAN VIRKA

Siun sote tuottaa sosiaali- ja terveyshuollon integroituja palveluja koko Pohjois-Karjalan maakunnan alueelle sekä Heinävedelle Etelä-Savoon. Olemme Pohjois-Karjalan suurin työnantaja ja meillä työskentelee noin 7000 sote-alan ammattilaista. Tarjoamme Sinulle mielenkiintoisen työn suuressa ja kehittyvässä organisaatiossa!

Terveyden ja hyvinvoinnin laitos vankiterveydenhuollon yksikkö

ALUEYLILÄÄKÄRIN VIRKA

Vankiterveydenhuollon yksikkö on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen alainen itsenäinen yksikkö, joka organisoi vankien terveydenhuollon Suomen vankiloissa. Yksikkö vastaa vankien terveydenhuollon kehittämisestä tavoitteena tehokkaat, toimivat ja kattavat palvelut.

Satakunnan keskussairaala

1 ERIKOISTUVA LÄÄKÄRI

Tarjoamme sinulle mahdollisuuksia ammatilliseen kehittymiseen sosiaali- ja terveydenhuollon ammattitehtävissä ja monenlaisissa ison organisaation muissa tehtävissä. Potilaan hyvän hoidon takaamiseksi haluamme panostaa työntekijöiden hyvinvointiin. Meillä on viihtyisä ja välitön työilmapiiri. Meillä voit osallistua myös tutkimustoimintaan, johon tarjoamme vahvan tuen. Tule meille, meillä et jää yksin!

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.

Elina Heino elina.heino@mediuutiset.fi

Ruotsi sitoi etälääkärien käsiä

Ruotsissa tehtiin kansallinen suositus sille, mitä infektiotauteja ei sovi diagnosoida ja lääkitä antibiooteilla etälääkärin vastaan­otolla. Oliko se tarpeen?

  • 9.2.

Nina Airisto

Työterveyshuolto etsii paikkaansa

Vaikka tekeillä olevat lakimuutokset eivät kosketa työterveysjärjestelmää, työterveyshuolto on sote-uudistuksessa merkittävä tekijä.

  • 2.2.