INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

PÄÄTOIMITTAJALTA

Potilastietojärjestelmät kuumentavat tunteita

Kun koko Suomen terveydenhuoltojärjestelmä muuttuu, vaaditaan myös muutoksia helpottavia potilastietojärjestelmiä, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 21.4. 10:58

Uusin lehti

Tapahtumat

Tulehdukselliset suolistosairaudet koskettavat yhä usempia suomalaisia. Tule kuulemaan ja keskustelemaan hyvän hoidon vaikutuksesta IBD:tä sairastavan työ- ja toimintakyvyn säilyttämiseen.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄTOIMITTAJALTA

Potilastietojärjestelmät kuumentavat tunteita

Kun koko Suomen terveydenhuoltojärjestelmä muuttuu, vaaditaan myös muutoksia helpottavia potilastietojärjestelmiä, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 21.4. 10:58

TOIMITUKSELTA

Päivystyksen oikea nimi on ensiapu

Ehkä kynnys lähteä tai lähettää kiireiseltä kuulostavaan ensiapuun olisi korkeampi kuin päivystykseen, kirjoittaa toimittaja Minna Pihlava.

  • 12.4. 10:20

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Sisulla ja rohkeudella

Nykyisten suomalaisten terveys- ja hyvinvointialan saavutusten juuret ulottuvat liki sadan vuoden taakse. Ensimmäiset neuvolat perustettiin Arvo Ylpön aloitteesta 1920-luvulla. Ylppö oli myös vaikuttaja laajemminkin suomalaisessa lääketieteen ja talouselämän kehityksessä toimien mm. tänä vuonna 100 vuotta täyttävän Orionin johtokunnassa.

  • 18.4. 12:01

Yhteistyöllä kasvua terveysteknologia-alalle

Terveysala on saanut ansaitsemansa roolin kansallisten painopisteiden joukossa! Yksi syy on ollut terveysteknologian kasvu merkittäväksi vientialaksi viimeisen parikymmenen vuoden aikana. Vuonna 2015 vientiä oli 1,9 miljardin euron arvosta. Alustavien tietojen mukaan 2 miljardin raja rikkoutui viime vuonna. Kansantalouden kannalta vähintään yhtä tärkeää on, että vienti on suurempaa kuin tuonti. Vuonna 2015 kauppatase oli 900 miljoonaa.

  • 27.2. 12:23

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
Etelä-Karjalan keskussairaala

2 ERIKOISLÄÄKÄRIÄ

Etelä-Karjalan sosiaali- ja terveyspiiri (Eksote) tuottaa sosiaali- ja terveyspalvelut Lappeenrannassa ja lähikunnissa. Asukkaita on noin 132 000. Lappeenrantaan pääsee junalla Helsingistä 2 tunnissa ja Lahdesta tunnissa. Olemme savuton työpaikka.

Vankiterveydenhuollon yksikkö

ALUEYLILÄÄKÄRIN VIRKA

Vankiterveydenhuollon yksikkö on Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen alainen itsenäinen yksikkö, joka organisoi vankien terveydenhuollon Suomen vankiloissa. Yksikkö vastaa vankien terveydenhuollon kehittämisestä tavoitteena tehokkaat, toimivat ja kattavat palvelut.

OYS Oulun yliopistollinen sairaala

APULAISYLILÄÄKÄRIÄ virkaan urologian yksikköön

Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiiri on innovatiivinen ja dynaaminen terveyspalvelujen tuottaja. Alueen yli 400 000 asukasta palvelee noin 6800 terveydenhuollon ammattilaista. Oulun yliopistollinen sairaala vastaa erityistason hoidon järjestämisestä koko Pohjois-Suomen väestölle. Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiiri on savuton ja päihteetön työpaikka.

A-klinikkasäätiö

Osa-aikaista lääkäriä K-klinikalle Espooseen

A-klinikkasäätiö sr on vuonna 1955 perustettu suomalainen palveluntuottaja ja järjestö, joka tunnetaan päihdetyön erityisosaajana. Säätiön palveluissa työskentelee noin 700 ammattilaista. Yhteistyökuntia on yli sata ja liikevaihto on noin 45 miljoonaa euroa. Palvelutuotanto siirtyy vuoden 2017 aikana säätiön täysin omistamaan A-klinikka Oy:öön. Palvelujen laatu on sertifioitu ja asiakastyytyväisyys on korkea.

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.

Teema: päihteet

Elina Heino

Sairaala on humalaisten tukiasema

Neljä lääkäriä kertoo, miten tekeillä oleva alkoholilain kokonaisuudistus heijastuu heidän työhönsä.

  • 21.4.