INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

Uusin lehti

Tapahtumat

Varhainen reumasairauden diagnoosi parantaa hoidon onnistumista. Esimerkiksi yhä useamman potilaan sairastamaa kihtiä voi olla vaikea tunnistaa. Oireiden tunnistaminen ja ajoissa aloitettu hoito varmistavat työkyvyn sekä elämänlaadun säilymisen. Reumaa sairastava ja kivulias potilas tarvitsee monenlaista tukea matkallaan kohti hoitotavoitettaan. Mediareenalla pääset muun muassa käymään läpi yleisimpiä reumaatikon hoitoon liittyviä erityispiirteitä, syventymään uusiin reumalääkkeisiin sekä harvinaisiin reumasairauksiin.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄTOIMITTAJALTA

Mato sekoitti Britannian

Magneettikuvauslaitteiden päivittäminen ei onnistu helposti nappia painamalla.

  • 19.5. 09:15

KOLUMNI

Lääkärin paheellinen elämä

Voiko lääkärin epätäydellisyys, vatsamakkarat tai silmäpussit lisätä empatian tunnetta vastaanottoon?

  • 19.5. 09:14

TOIMITUKSELTA

Laatu, missä olet?

Laatua ei voi valita, koska siitä ei tiedä mitään.

  • 19.5. 09:14

TOIMITTAJALTA

Ei enää arvauskeskuksia

Yhden asian ei pitäisi muuttua sote-uudistuksessa. Vaativaa työtä tekevät ansaitsevat arvostuksen, kirjoittaa toimittaja Nina Airisto.

  • 19.5. 08:51

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Sisulla ja rohkeudella

Nykyisten suomalaisten terveys- ja hyvinvointialan saavutusten juuret ulottuvat liki sadan vuoden taakse. Ensimmäiset neuvolat perustettiin Arvo Ylpön aloitteesta 1920-luvulla. Ylppö oli myös vaikuttaja laajemminkin suomalaisessa lääketieteen ja talouselämän kehityksessä toimien mm. tänä vuonna 100 vuotta täyttävän Orionin johtokunnassa.

  • 18.4. 12:01

Yhteistyöllä kasvua terveysteknologia-alalle

Terveysala on saanut ansaitsemansa roolin kansallisten painopisteiden joukossa! Yksi syy on ollut terveysteknologian kasvu merkittäväksi vientialaksi viimeisen parikymmenen vuoden aikana. Vuonna 2015 vientiä oli 1,9 miljardin euron arvosta. Alustavien tietojen mukaan 2 miljardin raja rikkoutui viime vuonna. Kansantalouden kannalta vähintään yhtä tärkeää on, että vienti on suurempaa kuin tuonti. Vuonna 2015 kauppatase oli 900 miljoonaa.

  • 27.2. 12:23

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
HUS

Ylilääkäri

HUS on kansainvälisesti arvostettu erikoissairaanhoidon osaaja. Tuotamme palveluja lähes 1,6 miljoonalle asukkaalle ja vastaamme monien erityisalojen sairaanhoidosta valtakunnallisesti. Palveluksessamme on yli 22 000 ammattilaista. Tervetuloa edelläkävijöiden joukkoon!

Turun kaupunki

kaksi vakituista terveyskeskuslääkärin virkaa

Turun kaupungin hyvinvointitoimiala palvelee turkulaisia sosiaali- ja terveysasioissa. Hyvinvointitoimiala on suurin kaupungin toimialoistaja tarjoaa työtä yli 4400 sosiaali- ja terveydenhuollon ammattilaisellemm. ennaltaehkäisevien palvelujen, tutkimus-, hoito-, perhe- jakuntoutumispalvelujen parissa.

Vasa centralsjukhus / Vaasan keskussairaala

ERIKOISTUVAA LÄÄKÄRIÄ / SPECIALISERANDE LÄKARE

Vaasan keskussairaala tarjoaa laadukasta erikoissairaanhoitoa kahdella kielellä. Lääketieteellinen toimintamme on korkeatasoista, ja sitä leimaa laaja-alainen laatu- ja potilasturvallisuustyö. Tarjoamme 2 400 työntekijällemme hyvän työpaikan, jossa panostetaan osaamisen kehittämiseen ja työviihtyvyyteen. Tervetuloa meille!

Vasa centralsjukhus / Vaasan keskussairaala

OSASTONYLILÄÄKÄRIÄ / AVDELNINGSÖVERLÄKARE

Vaasan keskussairaala tarjoaa laadukasta erikoissairaanhoitoa kahdella kielellä. Lääketieteellinen toimintamme on korkeatasoista, ja sitä leimaa laaja-alainen laatu- ja potilasturvallisuustyö. Tarjoamme 2 400 työntekijällemme hyvän työpaikan, jossa panostetaan osaamisen kehittämiseen ja työviihtyvyyteen. Tervetuloa meille!

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.