INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

Mediuutiset 12/2017

Uusi Mediuutiset on ilmestynyt!

Tampereen Lääkäripäivien vuoksi Mediuutiset julkaistiin tällä viikolla perjantain sijasta jo eilen keskiviikkona.

  • 23.3. 15:22

PÄÄTOIMITTAJALTA

Melkoinen myräkkä valinnanvapaudesta

Viime viikkojen aikana on alkanut vaikuttaa siltä, että potilaan valinnanvapaudesta tehdyt suunnitelmat ovat niin hajallaan, ettei niiden yksityiskohdista tai seurauksista ole enää käsitystä juuri kenelläkään.

  • 22.3. 11:58

TOIMITUKSELTA

Syyllinen on toisaalla

Syyttävä sormi osoittaa helposti Kelan suuntaan, vaikka moni e-reseptin ärsyttävä ominaisuus johtuu potilastietojärjestelmästä, ei Kelan hallinnoimasta järjestelmästä.

  • 22.3. 11:24

Uusin lehti

Tapahtumat

Kuule uusimmista käytäntöjä muuttavista tutkimuksista sekä verkostoidu terveysalan ammattilaisten kanssa.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄTOIMITTAJALTA

Melkoinen myräkkä valinnanvapaudesta

Viime viikkojen aikana on alkanut vaikuttaa siltä, että potilaan valinnanvapaudesta tehdyt suunnitelmat ovat niin hajallaan, ettei niiden yksityiskohdista tai seurauksista ole enää käsitystä juuri kenelläkään.

  • 22.3. 11:58

TOIMITUKSELTA

Syyllinen on toisaalla

Syyttävä sormi osoittaa helposti Kelan suuntaan, vaikka moni e-reseptin ärsyttävä ominaisuus johtuu potilastietojärjestelmästä, ei Kelan hallinnoimasta järjestelmästä.

  • 22.3. 11:24

PÄÄTOIMITTAJALTA

Commodore 64 ja vapaus valita

Toivottavaa on, ettei sote-uudistus sotkeutuisi valinnanvapauteen ja että vuosikymmenten odottelusta päästäisiin eteenpäin.

  • 10.3. 12:41

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Yhteistyöllä kasvua terveysteknologia-alalle

Terveysala on saanut ansaitsemansa roolin kansallisten painopisteiden joukossa! Yksi syy on ollut terveysteknologian kasvu merkittäväksi vientialaksi viimeisen parikymmenen vuoden aikana. Vuonna 2015 vientiä oli 1,9 miljardin euron arvosta. Alustavien tietojen mukaan 2 miljardin raja rikkoutui viime vuonna. Kansantalouden kannalta vähintään yhtä tärkeää on, että vienti on suurempaa kuin tuonti. Vuonna 2015 kauppatase oli 900 miljoonaa.

  • 27.2. 12:23

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
Työterveys Helsinki

YLILÄÄKÄRIKSI

Työterveys Helsinki on Suomen suurimman työnantajan oma työterveyshuolto. Laatukeskus Excellence Finland palkitsi meidät vuonna 2016 neljän tähden EFQM Recognised for Excellence -tunnustuksella, joka on ainutlaatuinen kansainvälinen saavutus. Lisäksi voitimme kaupunginjohtajan laatupalkintokilpailun. Teemme työmme vaikuttavasti yhdessä asiakkaidemme kanssa.

Turun kaupungin hyvinvointitoimiala

kolme erikoistuvaa lääkäriä

Turussa tehdään tänäänkin lisää historiaa. Viihtyisä ja karismaattinen yliopistokaupunki uudistuu ja kasvaa rohkeasti, tavoitteena kaupunkilaisten elämisen laadun ja elinkeinoelämän menestyksen edistäminen kestävällä tavalla. Turku kaupunki on alueensa suurin työllistäjä, jolla on noin 12 000 osaavaa ja ammattitaitoista työntekijää.

Vantaan kaupunki

Lääkäreitä

Vantaan kaupungilla on lääkäreille työtä tarjolla monissa toiminnossa: terveysasemilla, sairaalapalveluissa, ennaltaehkäisevässä terveydenhuollossa sekä päihdepalveluissa. Meillä on tarjolla avoimia virkoja sekä mahdollisuus tehdä eripituisia sijaisuuksia. Myös osa-aikaisuus on mahdollinen. Työtä voidaan sovitella tarvittaessa hakijan oman kiinnostuksen mukaan.

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.