INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

Uusin lehti

Tapahtumat

22.11. Finlandia-talo – Rahoitus on toistaiseksi jäänyt sote-keskusteluissa sivurooliin, vaikka rahoituksen järjestäminen ohjaa merkittävästi toimintaa sosiaali- ja terveydenhuollossa. Terveysalan rahoitus -tapahtuma käy läpi, mitä sote-alan rahoituksen tulevaisuudesta tiedetään nyt, mitä sen suhteen on suunnitteilla sekä millainen rahoitusmalli toimisi hyvin tilanteessa, jossa julkinen ja yksityinen sektori toimivat yhä enemmän yhteistyössä. Tapahtumassa selvitetään myös mitkä ovat nykyisen lääkerahoitusjärjestelmän suurimmat ongelmat sekä kuinka niitä ratkotaan. Tule päivittämään tietosi, oppimaan uutta, osallistumaan keskusteluun sekä verkottumaan.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄKIRJOITUS

Länsi-Pohja uhmaa sote-määräyksiä

Eri puolilla Suomea vallitseva kuntien into yhteisyrityksiin kertoo siitä, kuinka vaikeaa yhteistyö maakunnan eri kaupunkien välillä voi olla, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 17.11. 10:33

Kolumni

Aluepolitiikkaa ja edunvalvontaa

Vaikka sopeutuminen työpaikkojen muutoksiin on kipeää, rakennemuutos perustuu kohtuulliseen näyttöön paremmasta vaikuttavuudesta ja potilasturvallisuudesta, kirjoittaa Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin johtaja Leena Setälä.

  • 17.11. 08:52

Toimitukselta

Keskusta sai Meri-Lapissa maistaa omaa lääkettään

Meri-Lapin kuntien valtuustossa useimmat keskustalaiset äänestivät yhteisyrityksen puolesta, vaikka se pistää kapuloita rattaisiin sote-uudistuksen järjestelyille Lapin maakunnassa.

  • 15.11. 10:39

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Kari Kataja: Äitiyspakkauksia ja yhteiskehittämistä

Tekes on kumppanina yhdessä VTT:n ja Sitran kanssa Janssen Research & Developmentin ja Johnson & Johnson Innovationin maailmanlaajuisessa Next-Gen Baby Box QuickFire Challenge -innovaatiokilpailussa, jossa etsitään mullistavia ratkaisuja lasten ja vanhempien terveyden edistämiseksi. Kilpailu tarjoaa innostavan mahdollisuuden Suomelle ja suomalaisille yrityksille olla luomassa uutta ekosysteemiä.

  • 21.6. 11:42

Sisulla ja rohkeudella

Nykyisten suomalaisten terveys- ja hyvinvointialan saavutusten juuret ulottuvat liki sadan vuoden taakse. Ensimmäiset neuvolat perustettiin Arvo Ylpön aloitteesta 1920-luvulla. Ylppö oli myös vaikuttaja laajemminkin suomalaisessa lääketieteen ja talouselämän kehityksessä toimien mm. tänä vuonna 100 vuotta täyttävän Orionin johtokunnassa.

  • 18.4. 12:01

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
HUS

Erikoislääkäri määräaikaiseen viransijaisuuteen

HUS on Suomen suurin erikoissairaanhoidon toimija ja työnantaja. Vahvuutemme on osaava ja työssään viihtyvä henkilökunta, joka arvostaa avoimuutta ja yhdenvertaisuutta. Työmme tavoitteena on korkea laatu ja korostamme potilaan parasta.

HUS

Erikoislääkäri vakinaiseen virkaan

HUS on Suomen suurin erikoissairaanhoidon toimija ja työnantaja. Vahvuutemme on osaava ja työssään viihtyvä henkilökunta, joka arvostaa avoimuutta ja yhdenvertaisuutta. Työmme tavoitteena on korkea laatu ja korostamme potilaan parasta

HUS

Erikoistuva lääkäri

HUS on Suomen suurin erikoissairaanhoidon toimija ja työnantaja. Vahvuutemme on osaava ja työssään viihtyvä henkilökunta, joka arvostaa avoimuutta ja yhdenvertaisuutta. Työmme tavoitteena on korkea laatu ja korostamme potilaan parasta.

ETELÄ-POHJANMAAN SAIRAANHOITOPIIRIN KUNTAYHTYMÄ

KIPUPOLIKLINIKAN OSASTONYLILÄÄKÄRIN VIRKA

Olemme vireä ja aktiivinen, hyvät koulutus- ja työnohjausmahdollisuudet tarjoava työnantaja. Sairaalassamme on mahdollisuudet monipuoliseen lääkärintyöhön sekä tutkimukseen.

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.