INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

NEUROLOGIA

Uusi epilepsian syntymekanismi löytyi

Aivojen välittäjäaine GABA kiihdyttää aivojen toimintaa pitkittyneen kouristuskohtauksen jälkeen. Bumetanidi esti hiirikokeissa kiihdyttävän vaikutuksen.

  • 27.2. 11:03

VÄITÖKSET

Geeniperimä määrää, miten lääke vaikuttaa elimistössä

Kliinisessä käytössä olevista lääkeaineista 20–25 prosenttia metaboloituu CYPD2D6-entsyymin välityksellä. Entsyymin metabolinen aktiivisuus vaihtelee kuitenkin huomattavasti yksilöiden välillä riippuen siitä, mitä CYPD2D6-geenivarianttia he kantavat.

  • 24.2. 11:01

Uusin lehti

Tapahtumat

Kuule uusimmista käytäntöjä muuttavista tutkimuksista sekä verkostoidu terveysalan ammattilaisten kanssa.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

Pääkirjoitus

Otetaan mallia Hans Roslingista

Tiedon jakaminen nautittavasti ei heikennä faktojen esiin pääsemistä, kirjoittaa päätoimittaja Anna Niemelä.

  • 10.2. 11:22

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
Soite

GASTROENTEROLOGISEN KIRURGIAN ERIKOISLÄÄKÄRIN VIRKA

Soite on 1.12017 toimintansa aloittanut laaja-alainen sosiaali- ja terveyspalvelujen tuottajakuntayhtymä, joka yhdistää Keski-Pohjanmaan alueen kuntien ja sairaanhoitopiirin sosiaali- ja terveyspalvelut yhdeksi kokonaisuudeksi. Soite tuottaa ja järjestää alueen asukkaille erikoissairaanhoidon, perusterveydenhuollon, sosiaalitoimen ja kehitysvammahuollon korkealaatuisia palveluita. Teemme tiivistä yhteistyötä alueen kuntien ja naapurisairaanhoitopiirien kanssa. Soite työllistää noin 3600 osaajaa. Liity joukkoon!

Soite

UROLOGIAN OSASTONYLILÄÄKÄRIN VIRKA

Soite on 1.12017 toimintansa aloittanut laaja-alainen sosiaali- ja terveyspalvelujen tuottajakuntayhtymä, joka yhdistää Keski-Pohjanmaan alueen kuntien ja sairaanhoitopiirin sosiaali- ja terveyspalvelut yhdeksi kokonaisuudeksi. Soite tuottaa ja järjestää alueen asukkaille erikoissairaanhoidon, perusterveydenhuollon, sosiaalitoimen ja kehitysvammahuollon korkealaatuisia palveluita. Teemme tiivistä yhteistyötä alueen kuntien ja naapurisairaanhoitopiirien kanssa. Soite työllistää noin 3600 osaajaa. Liity joukkoon!

Soite

YLILÄÄKÄRIN VIRKA

Soite on 1.12017 toimintansa aloittanut laaja-alainen sosiaali- ja terveyspalvelujen tuottajakuntayhtymä, joka yhdistää Keski-Pohjanmaan alueen kuntien ja sairaanhoitopiirin sosiaali- ja terveyspalvelut yhdeksi kokonaisuudeksi. Soite tuottaa ja järjestää alueen asukkaille erikoissairaanhoidon, perusterveydenhuollon, sosiaalitoimen ja kehitysvammahuollon korkealaatuisia palveluita. Teemme tiivistä yhteistyötä alueen kuntien ja naapurisairaanhoitopiirien kanssa. Soite työllistää noin 3600 osaajaa. Liity joukkoon!

Helsingin Diakonissalaitoksen Hoiva Oy

LÄÄKÄRI

Helsingin Diakonissalaitoksen Hoiva Oy on ikääntyneiden ja erityisryhmien asiantuntija. Olemme Helsingin Diakonissalaitoksen säätiön kokonaan omistama yhtiö. Diakonissalaitoksen pitkä historia ja vahva arvopohja luovat perustan toiminnallemme asumis-, päihde- ja hoivapalvelujen vastuullisena tuottajana. Olemme yhteiskunnallinen yritys ja kehitämme uusia innovaatioita yhdessä asiakkaittemme kanssa. Henkilöstömme koostuu runsaasta 400 sosiaali- ja terveydenhuollon ammattilaisesta.

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.