INFORMAATIOTEKNOLOGIA

Laskennallinen läpimurto auttaa kehittämään täsmälääkkeitä bakteeri-infektioihin

  • 17.2. 13:24

Erpo Pakkala

| Kuva: colourbox

Helsingin informaatioteknologian tutkimuslaitoksen HIIT:in tutkijat ovat tehneet laskennallisen läpimurron, jonka avulla tulevaisuudessa voidaan kehittää täsmälääkkeitä vakavia infektioita aiheuttavia bakteereita vastaan.

- Uusi menetelmä antaa mahdollisuuden kohdentaa lääkeaine sellaisiin bakteerien perinnöllisiin tekijöihin, että resistenssin kehittymisen ja lajilta toiselle leviämisen mahdollisuus minimoidaan, sanoo HIIT:in professori Jukka Corander Helsingin yliopiston tiedotteessa. 

PloS Genetics -lehdessä julkaistussa tutkimuksessa havainnollistetaan laskennallisen menetelmän tarjoamia mahdollisuuksia lääkkeiden kehitystyölle.

Tutkijat analysoivat suuria määriä pneumokokki- ja streptokokkibakteerien näytteitä ja kehittivät tilastollisen mallin, jonka avulla voidaan paljastaa evolutiivisia rajoitteita luonnollisessa ympäristössä tapahtuville muutoksille bakteerien perimässä.

Pneumokokeilta paljastui tämän myötä useita aiemmin tuntemattomia mutaatioiden yhdysvaikutuksia.

- Yhdistämällä näistä yhdysvaikutuksista saatava tieto systeemibiologiaan ja molekyylilääketieteeseen voitaisiin ottaa tavoitteeksi lääkeaine, joka häiritsisi kyseisten geenien toimintaa ja yhtäaikaisesti johtaisi bakteerien solujen uusiutumisen estymiseen, Jukka Corander sanoo.

- Koska yhdysvaikutukset ovat useimmissa tapauksissa vahvasti sidoksissa tietyn bakteerilajin ydinperimään, lääkeaineella ei olisi sivuvaikutuksia muihin bakteereihin.

Corander mukaan koskaan aiemmin ei ole kyetty sovittamaan mutaatioiden välistä evolutiivista vuorovaikutuspainetta kuvaavaa todennäköisyysmallia samanaikaisesti kaikkiin perimässä esiintyviin mutaatioihin.

Tutkijat hyödynsivät työssään useiden vuosien aikana kertynyttä kokemusta päättelyalgoritmeista ja kehittivät lähestymistavan, joka mahdollisti riittävän tarkan analyysin.

Tutkimustulokset antavat Jukka Coranderin mukaan mahdollisuuden tarkastella lähitulevaisuudessa kaikkien yleisten infektiotauteja aiheuttavien bakteerien perimän muutoksia laajojen genomiaineistojen pohjalta. Hän näkee, että näin voitaisiin perustutkimuksen avulla luoda pohja täsmälääketieteen sovelluksille ja edesauttaa vakavien infektioiden torjuntaa tulevaisuudessa.

Corander johtaa HIIT:in laskennallisen päättelyn tutkimusohjelmaa ja toimi nyt julkaistun hankkeen vastuullisena tutkijana. Hänen mukaansa laskennallinen haaste on valtava, koska tämänkaltainen malli sisältää lähes sata miljardia tuntematonta tekijää.

Ratkaisun saavuttamiseksi tarvittiin satojatuhansia tunteja prosessoriaikaa Suomen tieteellisen laskennan CSC:n palvelimella. Tärkeinä yhteistyökumppaneina toimivat myös maailman johtavan genomikeskuksen Sanger-instituutin bakteerigenomiikan tutkijat.

Lähes kaikille antibiooteille vastustuskykyiset bakteerit ovat viimeisen kymmenen vuoden aikana ilmaantuneet eri puolille maailmaa. Bakteerit siirtyvät maanosasta toiseen ihmisten globaalin liikkumisen seurauksena, ja Maailman terveysjärjestö WHO onkin määritellyt antibioottiresistenssin leviämisen maailmanlaajuiseksi uhaksi ihmisen terveydelle.

Uusin lehti

Tapahtumat

Tule mukaan Mediuutisten HOITAJA 2017 -koulutukseen 4.-5.10. Helsingin Scandic Parkissa. Saat työkaluja työsi tueksi, eväitä asiantuntijuutesi kehittämiseen ja keinoja ylläpitää työhyvinvointia. Koulutus kokoaa yhteen mielenkiintoiset ja asiantuntevat puhujat sekä hoitotyön ammattilaiset. Ilmoittautuminen on alkanut. Seuraa meitä Twitterissä #hoitaja2017  tai Facebookissa.

Kaikki tapahtumat

Uusimmat uutiset

Medirekry: Työpaikat

PÄÄKIRJOITUS

Hospitalistin uskomaton urakka

Kun potilaan valinnanvapaus lisääntyy ja sairaalat alkavat markkinoida toimintaansa, potilaan kokonaisvaltaisesta hoidosta huolta kantavista hospitalistilääkäreistä saattaa tulla sairaalan kilpailuvaltti.

  • 15.9. 12:24

Kumppaniblogit

Kaupallinen yhteistyö

Kari Kataja: Äitiyspakkauksia ja yhteiskehittämistä

Tekes on kumppanina yhdessä VTT:n ja Sitran kanssa Janssen Research & Developmentin ja Johnson & Johnson Innovationin maailmanlaajuisessa Next-Gen Baby Box QuickFire Challenge -innovaatiokilpailussa, jossa etsitään mullistavia ratkaisuja lasten ja vanhempien terveyden edistämiseksi. Kilpailu tarjoaa innostavan mahdollisuuden Suomelle ja suomalaisille yrityksille olla luomassa uutta ekosysteemiä.

  • 21.6. 11:42

Sisulla ja rohkeudella

Nykyisten suomalaisten terveys- ja hyvinvointialan saavutusten juuret ulottuvat liki sadan vuoden taakse. Ensimmäiset neuvolat perustettiin Arvo Ylpön aloitteesta 1920-luvulla. Ylppö oli myös vaikuttaja laajemminkin suomalaisessa lääketieteen ja talouselämän kehityksessä toimien mm. tänä vuonna 100 vuotta täyttävän Orionin johtokunnassa.

  • 18.4. 12:01

Yhteistyöllä kasvua terveysteknologia-alalle

Terveysala on saanut ansaitsemansa roolin kansallisten painopisteiden joukossa! Yksi syy on ollut terveysteknologian kasvu merkittäväksi vientialaksi viimeisen parikymmenen vuoden aikana. Vuonna 2015 vientiä oli 1,9 miljardin euron arvosta. Alustavien tietojen mukaan 2 miljardin raja rikkoutui viime vuonna. Kansantalouden kannalta vähintään yhtä tärkeää on, että vienti on suurempaa kuin tuonti. Vuonna 2015 kauppatase oli 900 miljoonaa.

  • 27.2. 12:23

Medirekry

Kaupallinen yhteistyö
Fimea

YLILÄÄKÄRIÄ

Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus Fimea on sosiaali- ja terveysministeriön alainen virasto, joka valvoo ja kehittää lääkealaa väestön terveydeksi.

HUS

Osastonylilääkäri, ensihoito

HUS on kansainvälisesti arvostettu erikoissairaanhoidon osaaja. Tuotamme palveluja lähes 1,6 miljoonalle asukkaalle ja vastaamme monien erityisalojen sairaanhoidosta valtakunnallisesti. Palveluksessamme on yli 22 000 ammattilaista. Tervetuloa edelläkävijöiden joukkoon!

Satakunnan sairaanhoitopiiri

2 ERIKOISTUVAN LÄÄKÄRIN VIRKAA

Päivystysalueellamme toimii erikoisalojen yhteispäivystyksen lisäksi 31 potilaspaikan päivystysosasto ja selviämishoitoyksikkö. Yhteistyö ensihoitopalvelun ja lääkäriyksikön kanssa on tiivistä. Sinulla on mahdollisuus päästä perehtymään myös lääkäriyksikön toimintaan. Sydänyksikkö, teho-osasto, leikkaussalit ja kuvantaminen toimivat päivystyksen välittömässä läheisyydessä. Olemme moderni, kehityksen kärjessä kulkeva sairaala, jossa potilaspalvelu on ykkösasia. Meillä on akuuttilääketieteen erikoislääkärin koulutusoikeudet ja akuuttilääketieteen kliininen opettaja. Päivystyspotilaita meillä käy vuodessa n. 64 000.

Satakunnan sairaanhoitopiiri

3 ERIKOISLÄÄKÄRIN VIRKAA

Päivystysalueellamme toimii erikoisalojen yhteispäivystyksen lisäksi 31 potilaspaikan päivystysosasto ja selviämishoitoyksikkö. Yhteistyö ensihoitopalvelun ja lääkäriyksikön kanssa on tiivistä. Sinulla on mahdollisuus päästä perehtymään myös lääkäriyksikön toimintaan. Sydänyksikkö, teho-osasto, leikkaussalit ja kuvantaminen toimivat päivystyksen välittömässä läheisyydessä. Olemme moderni, kehityksen kärjessä kulkeva sairaala, jossa potilaspalvelu on ykkösasia. Meillä on akuuttilääketieteen erikoislääkärin koulutusoikeudet ja akuuttilääketieteen kliininen opettaja. Päivystyspotilaita meillä käy vuodessa n. 64 000.

Summa

Summa kokoaa Talentumin lehdet ja bisneskirjat yhteen paikkaan. Lehden tilaajat voivat lukea Mediuutisia maksutta myös Summassa. Kokeile kuukauden ajan maksutta, et sitoudu mihinkään.